Dopo aver effettuato una corretta procedura di decontaminazione dello strumentario chirurgico con apposite soluzioni disinfettanti e dopo aver rimosso il disinfettante residuo, si procede ad una pulizia molto accurata con acqua e detergente o con prodotti combinati per la pulizia e disinfezione rispettando le concentrazioni indicate dal produttore. Per pulizia si intende la rimozione meccanica della sporcizia (generalmente materiale biologico) dallo strumento chirurgico. Questa procedura è fondamentale in quanto allontana ogni traccia di residui organici, secrezioni e sangue, riducendo al minimo la contaminazione microbica. E' bene ricordare che una non corretta o una non sufficiente pulizia dello strumentario chirurgico, può compromettere severamente tutto il processo di sterilizzazione. Infatti la sporcizia e residui di materiale organico in cavità o in punti difficili da raggiungere impediscono l'azione disinfettante e proteggono i microrganismi durante il processo di sterilizzazione in autoclave. Pulire e lavare, bene e con frequenza gli strumenti chirurgici, è sicuramente una buona norma da seguire per non interferire sul processo di sterilizzazione. La detersione dello strumentario può essere eseguita manualmente o attraverso una lavatrice automatica (lava ferri) oppure tramite una lavatrice ad ultrasuoni. Il metodo manuale è sicuramente il più comune, ma presenta notevoli rischi per l'operatore che esegue la procedura di lavaggio (rischio di contaminazione per puntura accidentale con ferri appuntiti o taglienti ancora non sterili), mentre il lavaggio meccanico è molto più sicuro in quanto la macchina procede automaticamente al lavaggio attraverso spruzzi di acqua e detergente o ancora meglio attraverso onde ultrasoniche che raggiungono anche le cavità più nascoste e difficilmente accessibili manualemente (cerniere delle pinze, zigrinature dei manici degli strumenti, fessure ed interstizi vari).