Le caratteristiche del detergente giocano un ruolo fondamentale nel processo di lavaggio.
Infatti è necessario scegliere la compatibiltà chimica del detergente con i materiali, che devono essere puliti, e il tipo di sporco che deve essere rimosso.
È importante utilizzare soluzioni detergenti specifiche per ultrasuoni raccomandate dal fabbricante in quanto presentano caratteristiche specifiche per un'ottima propagazione delle onde ultrasonore e consentono di rendere molto breve il processo di pulitura.
Inoltre è sempre raccomandabile sostituire spesso il detergente saturo di sostanze di rifiuto e sostituirlo con detergente nuovo; in questo modo è possibile ripristinare il corretto valore di cavitazione e la corretta azione chimica della soluzione.
È consigliabile utilizzare sostanze detergenti neutre in quanto esse non intaccano la vasca in acciaio dell'apparecchio e non intaccano le superfici che devono essere pulite. È necessario fare molta attenzione a non versare direttamente nella vasca sostanze acide o fortemente alcaline poichè esse possono danneggiare irreparabilmente l'apparecchiatura. Anche gli acciai più resistenti vengono erosi dalla reazione fisico-chimica (cavitazione+acido).
Nel campo odontoiatrico vengono utilizzate spesso soluzioni detergenti disinfettanti per la disinfezione dello strumentario in generale, ma bisogna assicurarsi, prima di versare nella vasca, che siano perfettamente compatibili con il materiale da trattare (per esempio sono da evitare quelle sostanze a base di ipoclorito di sodio in quanto sviluppano cloro ossidando fortemente i metalli).
Altri parametri fondamentali per ottenere un eccellente risultato nella pulitura con ultrasuoni sono la dimensione, la configurazione e la capacità della vasca. Essi devono permettere di accogliere nel miglior modo possibile gli oggetti in sufficiente quantità alle proprie esigenze. Ovviamente ogni applicazione individuale di lavaggio ha le proprie variabili quali la quantità, l'orientamento e la geometria degli oggetti da pulire. È spesso sconsigliabile porre in modo disordinato gli oggetti direttamente sul fondo della vasca e riempirla oltre il limite indicato dal fabbricante, in quanto non si otterrebbero gli effetti desiderati. È invece preferibile disporre sempre gli oggetti in modo razionale sul fondo di un cestello appositamente realizzato per l'apparecchiatura in modo tale che essi vengano uniformemente investiti dalle onde ultrasonore.