Per decontaminazione dello strumentario chirurgico, si intente la procedura alla quale devono necessariamente essere sottoposti tutti gli strumenti riutilizzabili. È pertanto necessario immergerli in una soluzione disinfettante appena possibile dopo l'uso. Se la decontaminazione viene effettuata con prodotti disinfettanti di riconosciuta efficacia, si riducono notevolmente i rischi di contatto dell'operatore con materiale biologico infetto. Chiaramente il personale addetto a questa procedura deve necessariamente indossare i dispositivi di protezione individuale richiesti quali il grembiule plastificato, guanti di gomma speciali, mascherina, maschera di protezione per gli occhi e il viso. I tempi di immersione dello strumentario chirurgico nel liquido disinfettante non deve essere mai inferiore ai trenta minuti e comunque si consiglia di rispettare i tempi consigliati dal fabbricante riportati nella scheda tecnica del prodotto. E' comunque importante ricordare che la sola operazione di decontaminazione non è sufficiente a garantire l'eliminazione completa del rischio infettivo. E' necessario pertanto eliminare la soluzione disinfettante dallo strumentario, procedere ad un'accurata detersione manuale o con lavastrumenti automatiche o ad ultrasuoni, successivamente procedere al risciacquo in acqua corrente per togliere ogni residuo di detergente e successivamente procedere alla sterilizzazione in autoclave.